A Balaton nem csak vízből áll: a tó, a partjai és a környezete egy egész élő rendszert alkot, amelynek elemei az egyes élőlények a tóban és körülötte, táplálkozási kapcsolatokkal összekötve. Az egésznek az alapját a nap energiája és a növényi tápanyagok adják: a kagyló kiszűri az algasejteket, a nagy hal megeszi a kis halat, majd elpusztul, és újra tápanyaggá válik. A Balatonban, mint minden természetes vízben rengeteg alga, vagyis apró, csak mikroszkóppal látható egysejtű élőlény lebeg, és ezek jelentős része a növényekhez hasonlóan a nap energiáját használva, a légkör vízben oldott szén-dioxidját megkötve építi fel a saját testét (szerves anyagát), vagyis fotoszintetizál. Nem lehet persze kizárólag szénvegyületekből élő sejtet felépíteni, más anyagokra is szükség van ehhez. Ezek közül a legfontosabbak a hidrogén és az oxigén (ami a víz bontásából jól hozzáférhető), valamint a nitrogén és a foszfor (ezek a legfontosabb úgynevezett növényi tápanyagok).

A nitrogén és foszfor legfontosabb forrása az algák számára az ember által a vízbe juttatott hígtrágya, műtrágya és kommunális szennyvíz. Természetes, jó vízminőségű tavakban ezeknek a mennyisége minimális. Kristálytiszta vizű hegyi tavakban vagy patakokban kevés az alga, nem zöldes színű a víz, legfeljebb a felkeveredő üledék színezi. Mezőgazdasági területek közelében fekvő, vagy szennyvíz-bevezetés által terhelt tavakban az algák növekedése viszont szinte korlátlan, exponenciális is lehet (mint járvány idején a vírusoké), és ez az egész táplálékhálózatra nagy hatással van. Ilyenkor egyrészt ugrásszerűen megnő a hozzáférhető táplálék mennyisége, másrészt viszont csökken a víz oldott oxigéntartalma, különösen éjszaka. Ez paradoxnak tűnhet, hiszen az algák a növényekhez hasonlóan a fotoszintézis során oxigént bocsátanak ki, de a növényekhez szintén hasonlóan lélegeznek is, tehát oxigént is fogyasztanak. Nappal az előbbi folyamat van túlsúlyban, éjszaka viszont az utóbbi. Ezen felül a nagy mennyiségű szerves anyagot bontó baktériumok is oxigént vesznek fel a vízből, ami tovább növelheti az oxigénhiányt. Oxigén hiányában akár halpusztulás is bekövetkezhet, vagy a halak táplálékául szolgáló kisebb ízeltlábúak is pusztulhatnak.

Tovább növelheti a problémát, hogy oxigénhiányos körülmények között kiszabadul az üledékből az elmúlt évtizedek során ott felhalmozódott foszfor, fokozva az algák növekedését és szaporodását.